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Angewandte Metabolom-Analyse/Wurzelmetabolismus, Dr. Joachim Kopka

Der Fokus der Projektgruppe um Dr. Joachim Kopka liegt auf der vollständigen technischen Automatisierung von Hochdurchsatz Metabolitprofilanalysen (Analyse der Stoffwechselprodukte) für die Untersuchung des Primärmetabolismus in Wurzeln, sowie von Wurzel/Substrat und Wurzel/Sproß Interaktionen. Die Pflanzen Oryza sativa (Reis) und Arabidopsis thaliana (Ackerschmalwand) wie auch der Mikroorganismus Saccharomyces cerevisiae (Hefe) sind die Modelle für die Entwicklung von hoch exakter und zunehmend umfassenderer Metabolit-Profilanalytik. Typische Experimente nutzen genetische Modifikation und natürliche genetische Diversität. Markierung der Organismen mit stabilen Isotopen wird genutzt, um am Molekulargewicht unterscheidbare Stoffwechselprodukte zu erzeugen. Dies dient der quantitativen Bestimmung von Metabolitkonzentrationen und Stofffluss. Die Gruppe kooperiert mit internationalen Gastwissenschaftlern und ist spezialisiert auf Metabolom-Analysen mittels an Gaschromatographie gekoppelter Massenspektrometrie (GC-MS). Verfügbare Instrumente basieren auf Quadrupol-, Ionenfallen- und Flugzeit-Massenspektrometrie.

Ein weiterer Arbeitsschwerpunkt der Gruppe besteht in der Entwicklung bioinformatischer Systeme für die molekulare und chemische Datenanalyse. In Kooperation mit der Infrastrukturgruppe Bioinformatik wurde PaVESy (Visualisierungs- und Editier-System für Stoffwechselwege) und GMD (Golm Metabolom Datenbank) etabliert.

Zugang zu den bioinformatischen Werkzeugen CORRECTOR und TagFinder finden Sie hier.




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